COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.182933
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.231419
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 20.225932
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 20.178630
2021-03-22 17:00:00 6.994802 20.309032 20.210934
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.245092
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.292074

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 16.245829
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 16.338623
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 16.336730
2021-03-23 17:00:00 12.344058 12.344058 16.179951
2021-03-22 17:00:00 21.990741 10.082250 16.337698
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 16.226267
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 16.169081

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 21.568627 20.017331 19.818646
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 19.660810
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 19.497686
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 19.682529
2021-03-22 17:00:00 11.111111 19.651741 19.553521
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 19.471439
2021-03-20 17:00:00 23.407643 23.407643 19.456210

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.113211
2021-03-25 17:00:00 15.243902 12.644416 13.157851
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 12.879834
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 12.801822
2021-03-22 17:00:00 9.208973 12.846741 12.759777
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 12.770841
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 12.679243

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 14.338159
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 14.318560
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.625465
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 14.878673
2021-03-22 17:00:00 36.799327 15.101248 14.930562
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.186652
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.444058

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 46.343246
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 45.986400
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 45.197692
2021-03-23 17:00:00 42.706360 42.706360 45.094284
2021-03-22 17:00:00 68.699319 68.699319 45.848980
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 45.397773
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 44.976709

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 19.553603
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 19.837174
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 19.928832
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 20.084140
2021-03-22 17:00:00 29.347826 11.398818 20.294186
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 20.362095
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 20.619778

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.479117
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.506313
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.470248
2021-03-23 17:00:00 8.670117 7.045315 8.402214
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.680119 8.339043
2021-03-21 17:00:00 9.871717 8.472334 8.322242
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.317400

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.318768
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.095238 14.984465
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 14.661984
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 14.437289
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.781078 14.057603
2021-03-21 17:00:00 17.949929 13.950073 13.774610
2021-03-20 17:00:00 16.630356 16.630356 13.489306

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 33.452365
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 33.287250
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 33.145654
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 33.202608
2021-03-22 17:00:00 31.315085 32.855163 33.065328
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 33.013240
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 33.160198

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 19.104324
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 19.410188
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 19.794453
2021-03-23 17:00:00 15.237020 15.237020 19.742545
2021-03-22 17:00:00 31.812725 8.265752 20.029806
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 20.051310
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 20.265665

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 5.905224
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.433970
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 6.678385
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 6.730811
2021-03-22 17:00:00 9.729730 3.079555 6.661246
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 6.716571
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 7.081216

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 15.420034
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 16.989757
2021-03-24 17:00:00 9.660107 9.660107 18.698827
2021-03-23 17:00:00 7.884923 42.651297 20.927325
2021-03-22 17:00:00 0.024095 43.313070 23.361673
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 25.969291
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 29.312298

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 55.221948
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 56.033846
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 57.124494
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 56.537017
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 57.268326
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 57.790891
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 58.639647

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 23.742954
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 23.719725
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 23.630187
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 23.309089
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.429922 22.958819
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 22.810961
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 22.567670

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 34.821187
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 35.010824
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 34.182337
2021-03-23 17:00:00 21.181263 30.364964 33.584553
2021-03-22 17:00:00 39.867737 31.601652 33.025135
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 32.423855
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 31.888033

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.308720
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.491678 7.206433
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 6.987763
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.707121
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.397197 6.435711
2021-03-21 17:00:00 7.625650 7.625650 6.268229
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 6.057302

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 13.397417 13.397417 13.681416
2021-03-25 17:00:00 13.695486 13.695486 13.693437
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 13.699334
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 13.671503
2021-03-22 17:00:00 14.942787 14.942787 13.594597
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.599218
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.553865

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 12.831773
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.708815
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.646794
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.635208
2021-03-22 17:00:00 17.319964 11.044371 12.562772
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.501330
2021-03-20 17:00:00 13.582801 13.582801 12.408673

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.820983 18.023153
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 18.269528
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 18.539562
2021-03-23 17:00:00 14.910026 14.910026 18.656323
2021-03-22 17:00:00 52.205882 8.231884 18.304694
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 18.858608
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 19.189773

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 18.262928
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 18.349891
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 18.516002
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 18.095746
2021-03-22 17:00:00 39.694656 39.694656 18.530391
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 18.634599
2021-03-20 17:00:00 18.373494 18.373494 18.445963

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 31.358231
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 31.290670
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 31.644226
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 31.590118
2021-03-22 17:00:00 22.546541 43.874971 32.189203
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 32.457905
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 32.128383

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 23.444976 23.444976 16.245829
Basilicata 21.568627 20.017331 19.818646
Calabria 14.486639 14.486639 13.113211
Campania 14.734373 14.734373 14.338159
Emilia-Romagna 50.474984 50.474984 46.343246
Friuli Venezia Giulia 22.390671 22.390671 19.553603
Lazio 9.362457 9.362457 8.479117
Liguria 17.838828 17.838828 15.318768
Lombardia 36.493675 36.493675 33.452365
Marche 22.579564 22.579564 19.104324
Molise 7.181572 7.181572 5.905224
P.A. Bolzano 10.691824 10.691824 15.420034
P.A. Trento 55.737705 55.737705 55.221948
Piemonte 26.436064 26.436064 23.742954
Puglia 39.452555 39.452555 34.821187
Sardegna 8.356808 8.356808 7.308720
Sicilia 13.397417 13.397417 13.681416
Toscana 13.882124 13.882124 12.831773
Umbria 26.644463 14.820983 18.023153
Valle d'Aosta 18.095238 18.095238 18.262928
Veneto 30.745524 30.745524 31.358231

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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